La prima attestazione della chiesa di S. Pietro all’Orto è del 1247 quando il Comune si impegna a costruire la sede parrocchiale della Civitate Nova.
La nuova chiesa doveva provvedere alla cura d’anime e alla sepoltura della popolazione in aumento, poiché la vicina S. Bartolomeo, già anticamente denominata Ecclesia de Castello non poteva svolgere tali funzioni su tutta l’area.
Nel 1249 la chiesa fu ceduta ancora in costruzione agli eremitani, per favorire lo stanziamento dei frati in città.
​Con la costruzione della vicina Chiesa di Sant’Agostino l’edificio fu adibito a convento, e successivamente, tra le due chiese, nel luogo dell’antico cimitero, fu edificato il Chiostro. Attualmente il complesso di San Pietro all’Orto ospita il Museo d’Arte Sacra, la Collezione d’Arte Contemporanea “Angiolino Martini” e il Museo degli Organi Meccanici Antichi.